1939年。日本海軍では新型高性能潜水艦の建造計画が持ち上がる。技術担当の酒井中佐はその高すぎる要求に頭を抱えてしまう。そんな中、発明家の有岡安治郎から、新型機関の提案が送られてくる。半信半疑でその見学に向かった酒井中佐を待っていたのは…太古の魔法少女を自称する一人の少女だったのだ！ 冗談だと思う中佐であったが、少女は彼の目の前で例の新型機関、通称「チャンツエンジン」を魔法力で動かし始め、素晴らしい性能を発揮したのである。彼はその性能に驚愕するが、この機関には大きな制約があった。それは”機関を扱えるのは十代の女性のみ”というものであった。 1941年夏、女学校に通う女学生、下田アリサはある募集の張り紙を見かける。それは「事務作業のため十代の女性を募集する」という海軍が作成したものだった。学費に困っていた彼女は夏休みの間だけでもやってみようと海軍を訪れる。そこではなぜか体力試験や視力、聴力の検査、そして謎の装置による調査が行われる。その結果、彼女は他の応募者を差し置いて合格することができたのだ。しかし彼女を待っていたのは、事務作業などではなかったのであった。 地獄の太平洋を舞台に、「ブラックスペア」と恐れられた少女の潜水艦は、果たして生き残ることができるのか！？彼女たちの戦いが、いま始まる！
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